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    "textoCompleto" => "<p class="elsevierStylePara"><span class="elsevierStyleBold">INTRODUCCI&#211;N</span></p><p class="elsevierStylePara">La publicaci&#243;n de una serie de art&#237;culos en el n&#250;mero de enero de la revista JAMA bajo el t&#237;tulo &#171;C&#243;mo usar un art&#237;culo de asociaci&#243;n gen&#233;tica&#187;<span class="elsevierStyleSup">1-3</span> constituye un punto de partida excelente para intentar un doble prop&#243;sito&#58; presentar&#44; a similitud de lo publicado&#44; una gu&#237;a pr&#225;ctica con los requisitos necesarios para enfrentarse a un art&#237;culo de asociaci&#243;n gen&#233;tica y&#44; por otro lado&#44; mostrar las herramientas necesarias para efectuar un estudio de estas caracter&#237;sticas&#46; Para nuestro prop&#243;sito reduciremos el &#225;mbito de actuaci&#243;n a aquellos trabajos de asociaci&#243;n g&#233;nica de base poblacional que se realizan a trav&#233;s del reclutamiento de casos y de controles considerando que evaluaremos genes candidatos&#46; Los m&#233;todos y la interpretaci&#243;n de los resultados de los estudios gen&#233;ticos con base familiar son distintos y no ser&#225;n objetivo de esta revisi&#243;n&#46; Insistimos en nuestra intenci&#243;n de se&#241;alar&#44; &#250;nicamente&#44; una serie de pautas de aplicaci&#243;n pr&#225;ctica y no la de pretender la realizaci&#243;n de una aproximaci&#243;n a la epidemiolog&#237;a gen&#233;tica&#46; Se&#241;alaremos algunas consideraciones sobre la relevancia cl&#237;nica de estos estudios y analizaremos la situaci&#243;n actual y su supervivencia frente a los estudios de asociaci&#243;n a genoma completo&#46;</p><p class="elsevierStylePara"><span class="elsevierStyleBold">&#191;EST&#193;N CORRECTAMENTE SELECCIONADOS LOS PACIENTES&#63; ADECUACI&#211;N DEL FENOTIPO</span></p><p class="elsevierStylePara">La caracterizaci&#243;n adecuada del fenotipo asociado con una determinada enfermedad ha de realizarse de acuerdo con aquellos criterios cl&#237;nicos sobre los cuales haya un consenso m&#233;dico-cient&#237;fico claramente establecido&#46; La mayor parte de las Sociedades cient&#237;ficas establecen estos criterios y&#44; por supuesto&#44; sus correspondientes&#160; actualizaciones&#44; a medida que aumenta el conocimiento sobre el desarrollo y la evoluci&#243;n de la enfermedad&#46; En la realidad de la pr&#225;ctica cl&#237;nica no siempre es posible establecer un fenotipo certero aunque se sigan rigurosamente estos criterios&#46;</p><p class="elsevierStylePara"><span class="elsevierStyleBold">&#191;ES ADECUADO EL TAMA&#209;O DE LA MUESTRA&#63;</span></p><p class="elsevierStylePara">El c&#225;lculo del tama&#241;o de la muestra &#40;tabla 1&#41; en un estudio de casos y controles que incluya informaci&#243;n gen&#233;tica es objetivo de estudio y modelizaci&#243;n constante<span class="elsevierStyleSup">4</span>&#46; Una aproximaci&#243;n com&#250;n al c&#225;lculo del tama&#241;o de la muestra en un estudio de asociaci&#243;n gen&#233;tica no difiere de la que se realiza en un estudio cl&#237;nico habitual tipo expuestos&#47;no expuestos y se basa en establecer previamente la magnitud de la diferencia que debe detectarse&#46; En nuestro caso en particular&#44; se traducir&#237;a en establecer a priori la diferencia entre la frecuencia al&#233;lica o genot&#237;pica entre nuestras poblaciones&#46; Asimismo&#44; deberemos conocer la frecuencia de los alelos &#40;todos los que se quieran considerar&#41; en la poblaci&#243;n control&#44; el valor del error de tipo I&#44; es decir&#44; el error que se comete cuando se rechaza la hip&#243;tesis nula siendo verdadera y el valor del error de tipo II&#44; que es el error que se comete cuando se acepta la hip&#243;tesis nula siendo falsa&#46; Habitualmente se trabaja con una seguridad de que no cometamos un error del tipo I del 95&#37; &#40;probabilidad&#44; &#945; &#61; 0&#44;05&#41; y del tipo II comprendida entre un 5 y un 20&#37;&#44; si bien&#44; en general&#44; se establece sobre un 20&#37; &#40;probabilidad&#44; &#946; &#61; 0&#44;2&#41;&#46; As&#237; nos aseguramos un poder estad&#237;stico &#40;1 - &#946;&#41; del 80&#37;&#46; Hay otros aspectos que tambi&#233;n debemos considerar&#44; como la tasa previsible de errores y el tipo de errores esperables en nuestro procedimiento de genotipificaci&#243;n&#44; que deben compensarse con un mayor tama&#241;o de la muestra a fin de no ver disminuido nuestro poder estad&#237;stico&#46; Algunas herramientas &#171;on-line&#187; nos ayudan realizar estos c&#225;lculos&#46; Entre otras&#58; <a href="http&#58;&#47;&#47;linkage&#46;rockefeller&#46;edu&#47;pawe&#47;" class="elsevierStyleCrossRefs">http&#58;&#47;&#47;linkage&#46;rockefeller&#46;edu&#47;pawe&#47;</a> y <a href="http&#58;&#47;&#47;hydra&#46;usc&#46;edu&#47;GxE&#47;" class="elsevierStyleCrossRefs">http&#58;&#47;&#47;hydra&#46;usc&#46;edu&#47;GxE&#47;</a>&#46;</p><p class="elsevierStylePara"><span class="elsevierStyleBold">CONSIDERACIONES SOBRE LOS CASOS</span></p><p class="elsevierStylePara">De forma ideal se han de reclutar casos incidentes&#46; Conociendo previamente la frecuencia al&#233;lica de las variantes que van a estudiarse y antes de proceder a la fase de reclutamiento y conociendo la dificultad inherente a un fenotipo certero&#44; podr&#237;a intentarse aumentar el n&#250;mero de sujetos &#171;casos&#187; que deben estudiarse a trav&#233;s de distintas alternativas&#58; en primer lugar&#44; incrementando su n&#250;mero siendo menos estrictos en la definici&#243;n de nuestro fenotipo&#44; por ejemplo&#44; &#171;enfermedad renal &#187;&#44; con lo que se aumenta la heterogeneidad y disminuye la certeza de causalidad de los alelos que se eval&#250;an&#59; o bien&#44; por otro lado&#44; podr&#237;amos ser m&#225;s rigurosos en los criterios de selecci&#243;n de fenotipos incrementando la homogeneidad pero reduciendo&#44; necesariamente&#44; el n&#250;mero de casos reclutados&#46; De manera alternativa&#44; puede aumentarse la duraci&#243;n de la fase de reclutamiento&#46; La elecci&#243;n entre una u otra alternativa depende de varios factores&#44; de forma principal de la frecuencia al&#233;lica de la variaci&#243;n o de las variaciones en el&#47;los gen&#40;es&#41; candidato que debe estudiarse&#46; Si optamos por utilizar un criterio amplio en la selecci&#243;n de casos&#44; resulta esperable que los genes candidatos est&#233;n presentes en un subconjunto inferior de nuestros casos a estudiar&#59; por tanto&#44; debido al menor tama&#241;o de efecto esperado perderemos al menos parte del poder estad&#237;stico que esper&#225;bamos alcanzar al hacer una definici&#243;n m&#225;s amplia de nuestro fenotipo&#46; Por tanto&#44; a la hora de definir los casos debemos ponderar si el incremento de casos disponibles compensa la p&#233;rdida del poder&#160; estad&#237;stico que se deriva de una menor diferencia de frecuencias esperadas&#46; Si la definici&#243;n del fenotipo la posponemos hasta el momento en que realizamos los an&#225;lisis de nuestros resultados disponemos de alternativas&#46; Algunos autores&#44; como Chen y Lee&#44; han creado un m&#233;todo cuantitativo y sencillo que nos permite establecer y sistematizar&#44; en funci&#243;n de las frecuencias al&#233;licas y de la existencia de al menos dos posibles tipos de &#171;casos&#187; cuando podemos o no incrementar el tama&#241;o de la muestra de casos uniendo ambos tipos de casos<span class="elsevierStyleSup">5</span>&#46; No obstante&#44; cient&#237;ficamente lo m&#225;s adecuado es anticipar estas cuestiones en la fase de dise&#241;o del estudio y no cuando procedamos a realizar los an&#225;lisis estad&#237;sticos&#44; ya que podr&#237;amos correr el riesgo de sobreajustar los datos y obtener resultados espurios de dif&#237;cil replicabilidad&#46;</p><p class="elsevierStylePara"><span class="elsevierStyleBold">CONSIDERACIONES SOBRE LOS CONTROLES</span></p><p class="elsevierStylePara">Arya Sharma y Xavier Jeunemaitre<span class="elsevierStyleSup">6</span>&#44; reputados autores en el &#225;rea&#44; se&#241;alan una dificultad y un error com&#250;n en la selecci&#243;n y reclutamiento de la poblaci&#243;n control&#46; La dificultad deviene de la propia naturaleza de la poblaci&#243;n de controles&#46; Mientras que para la mayor&#237;a de los investigadores hospitalarios la inclusi&#243;n de pacientes no ha supuesto un problema&#44; s&#237; lo ha sido reclutar controles&#44; ya que requieren de una base poblacional que necesita de recursos espec&#237;ficos&#46; Dado que un control es potencialmente un caso&#44; un sesgo com&#250;n es incluir a controles de&#44; por ejemplo&#44; bancos de sangre o de trabajadores sanos del medio&#46; La ventaja que te&#243;ricamente pudiera suponer la selecci&#243;n de estos candidatos definidos como &#171;hipernormales &#187; ya que&#44; en teor&#237;a&#44; redundar&#237;a en una mayor diferencia en las frecuencias al&#233;licas entre poblaci&#243;n afectada y la de controles es&#44; en realidad&#44; m&#237;nima y pudiera enmascarar otros fenotipos de selecci&#243;n positiva hacia la supervivencia<span class="elsevierStyleSup">7-9</span>&#46; De igual forma&#44; la selecci&#243;n de controles que sean casos no diagnosticados supone una reducci&#243;n del poder estad&#237;stico en nuestro estudio<span class="elsevierStyleSup">10</span>&#46;</p><p class="elsevierStylePara"><span class="elsevierStyleBold">SOBRE EL AN&#193;LISIS ESTAD&#205;STICO Y LA ASOCIACI&#211;N ESTAD&#205;STICA</span></p><p class="elsevierStylePara">Podemos establecer una selecci&#243;n del fenotipo que debe estudiarse caracteriz&#225;ndolo como un rasgo dicot&#243;mico&#58; diab&#233;ticos frente a no diab&#233;ticos&#44; hipertensos frente a normotensos o intentar acotar m&#225;s la variabilidad reduciendo la incertidumbre ambiental y ganando en influencia del genotipo mediante la evaluaci&#243;n de los denominados fenotipos intermedios&#44; es decir&#44; evaluando uno o varios caracteres mensurables que vinculen a trav&#233;s de rutas biol&#243;gicas plausibles nuestro&#40;s&#41; gen&#40;es&#41; candidato&#40;s&#41; con la enfermedad&#46; La aproximaci&#243;n estad&#237;stica m&#225;s convencional a una u otra alternativa implica la realizaci&#243;n de modelos multivariantes&#46;</p><p class="elsevierStylePara">En estudios con m&#250;ltiples comparaciones debemos utilizar correcciones que nos permitan no incrementar nuestra probabilidad de cometer error tipo I &#40;tabla 2&#41;&#46; El procedimiento de Bonferroni consiste en dividir el alfa por el n&#250;mero de comparaciones a estimar&#58; si existen aproximadamente 10<span class="elsevierStyleSup">6</span> variantes en el genoma&#44; el umbral de valor de p corregida para todas las comparaciones ser&#237;a p &#61; 0&#44;05&#47;10<span class="elsevierStyleSup">6</span> &#61; 5 X 10<span class="elsevierStyleSup">-8</span>&#46; Esto nos obliga a necesitar un tama&#241;o de muestra muy elevado si pretendemos detectar diferencias moderadas&#46; Por ello&#44; se utilizan f&#243;rmulas de correcci&#243;n menos conservadoras&#44; como el False Discovery Rate&#46; No obstante&#44; tambi&#233;n con este procedimiento se necesita&#44; en caso de hacer numerosas comparaciones&#44; incrementar de manera prohibitiva el tama&#241;o de nuestra muestra&#46;</p><p class="elsevierStylePara">El an&#225;lisis estad&#237;stico utilizado puede otorgarnos mayor poder estad&#237;stico &#40;tabla 3&#41;&#46; As&#237;&#44; si conocemos el modelo gen&#233;tico &#40;aditivo-recesivo-dominante&#41;&#44; debemos utilizar el test de Cochran-Armitage&#46; No obstante&#44; en general no conocemos el modelo gen&#233;tico de nuestros genes candidatos&#44; y aunque nos ofrezca mayor poder&#44; tambi&#233;n es cierto que resulta menos robusto que la tradicional prueba de la Chi-cuadrado de Pearson&#44; por lo que en caso de incumplimiento de los supuestos que establezcamos sobre el modelo gen&#233;tico se invalidar&#237;an los resultados&#46;</p><p class="elsevierStylePara"><span class="elsevierStyleBold">AN&#193;LISIS DE MEZCLAS POBLACIONALES</span></p><p class="elsevierStylePara">Derivado de la teor&#237;a evolutiva actual surge la necesidad en medicina de evaluar la heterogeneidad gen&#233;tica de la poblaci&#243;n en estudio&#46; Los estudios realizados muestran que la variaci&#243;n en la frecuencia de los alelos asociados con la enfermedad entre poblaciones dispares aunque existe es&#44; en realidad&#44; bastante peque&#241;a<span class="elsevierStyleSup">7</span>&#46; Pudiera ocurrir que la asociaci&#243;n dependiera por completo de la exposici&#243;n a cierto determinante ambiental cuya frecuencia variase seg&#250;n la localizaci&#243;n geogr&#225;fica y que&#44; por tanto&#44; la frecuencia de estos alelos por selecci&#243;n variase<span class="elsevierStyleSup">7</span>&#46; Cuando se realizan mezclas poblacionales que difieren en frecuencias al&#233;licas por razones gen&#233;ticas o ambientales la asociaci&#243;n pudiera resultar espuria&#46; Por tanto&#44; se hace necesaria la selecci&#243;n&#44; genotipificaci&#243;n y an&#225;lisis de marcadores neutrales &#40;alelos nulos&#44; SNP no ligados&#44; inserciones&#47;deleciones&#41; a trav&#233;s de dos estrategias diferentes denominadas &#171;genomic control&#187; y &#171;structured association&#187;&#58; http&#58;&#47;&#47;pritch&#46;bsd&#46;uchicago&#46;edu&#47;structure&#46;html y http&#58;&#47;&#47;wpicr&#46;wpic&#46;pitt&#46;edu&#47;WPICCompGen&#47;genomic&#95;control&#47;genomic&#95;control&#46;htm</p><p class="elsevierStylePara"><span class="elsevierStyleBold">ELECCI&#211;N DE GENES CANDIDATOS</span></p><p class="elsevierStylePara">Puesto que en nuestra aproximaci&#243;n hemos decidido evaluar polimorfismos g&#233;nicos en genes candidatos&#44; nos interesa&#44; en primer lugar&#44; determinar el n&#250;mero y los genes que analizaremos&#46; Tradicionalmente los genes candidatos evaluados se han escogido en funci&#243;n del conocimiento disponible sobre la actividad del producto g&#233;nico en la enfermedad que debe estudiarse&#44; del conocimiento sobre la funci&#243;n de la prote&#237;na codificada por el gen&#44; del derivado de los estudios en modelos animales&#44; del que puede presuponerse a trav&#233;s del fenotipo asociado con las formas monog&#233;nicas de la enfermedad&#44; del derivado de estudios de ligamiento g&#233;nico y de los datos disponibles a priori&#44; as&#237; como del obtenido a trav&#233;s de metaan&#225;lisis<span class="elsevierStyleSup">8</span>&#46; Si adem&#225;s las variantes que deben analizarse se sit&#250;an en regiones de inter&#233;s en los genes&#44; esto se traduce&#44; por ejemplo&#44; en un cambio de amino&#225;cido &#40;variantes no sin&#243;nimas&#41;&#44; o bien afectan a la estabilidad o al procesamiento del mensajero&#44; o se encuentra en regiones reguladoras del gen&#44; la variante ser&#225; probablemente&#44; de mayor utilidad<span class="elsevierStyleSup">11</span>&#46; Una estrategia alternativa en la selecci&#243;n de genes candidatos es la selecci&#243;n de variantes &#171;tags&#187;&#44; es decir&#44; variantes de las que se dispone de informaci&#243;n previa&#44; obtenida de estudios de ligamiento&#44; y que a su vez pudieran ligarse a alelos de susceptiblidad<span class="elsevierStyleSup">12</span>&#46;</p><p class="elsevierStylePara">En un &#225;rea de trabajo enormemente activa como es la bioinform&#225;tica&#44; sorprende el escaso n&#250;mero de herramientas que ayudan en la labor clave de la selecci&#243;n de genes candidatos<span class="elsevierStyleSup">13</span>&#46; Existen&#44; no obstante&#44; una serie de programas on-line&#58; http&#58;&#47;&#47;omicspace&#46;riken&#46;jp&#47;PosMed&#47;&#44; http&#58;&#47;&#47;www&#46;genesniffer&#46;org&#47;index&#47;index&#95;frameset&#46;htm y http&#58;&#47;&#47;www&#46;genetics&#46;med&#46;ed&#46;ac&#46;uk&#47;suspects&#47;&#46; Estos programas integran la informaci&#243;n proveniente de estas plataformas de an&#225;lisis gen&#233;tico de alto rendimiento conjuntamente con la informaci&#243;n derivada de los estudios de expresi&#243;n permitiendo la aparici&#243;n del t&#233;rmino convergencia a la selecciones de regiones y genes candidatos&#46;</p><p class="elsevierStylePara"><span class="elsevierStyleBold">FENOTIPO CUANTIFICABLE Y DEMOSTRACI&#211;N EXPERIMENTAL DEL FENOTIPO CUANTIFICABLE</span></p><p class="elsevierStylePara">Identificar y medir el mayor n&#250;mero de par&#225;metros biol&#243;gicos implicados de manera directa con el gen y su producto o con la ruta biol&#243;gica en la cual aquel est&#225; implicado aumenta sustancialmente la capacidad de informaci&#243;n del estudio&#46; Aumenta la rigurosidad si&#44; adem&#225;s&#44; se demuestra de forma experimental que la propia variable se asocia con otras variables en regiones clave del gen o que afecta funcionalmente al gen o a la prote&#237;na<span class="elsevierStyleSup">6</span>&#46;</p><p class="elsevierStylePara"><span class="elsevierStyleBold">&#191;TIENE SENTIDO EL ESTUDIO Y AN&#193;LISIS DE UN N&#218;MERO RELATIVAMENTE PEQUE&#209;O DE POLIMORFISMOS&#63;</span></p><p class="elsevierStylePara"><span class="elsevierStyleBold"></span>Un an&#225;lisis de un solo polimorfismo puede llevar a asociaciones espurias&#44; entre otros motivos&#44; porque la variante puede encontrarse en desequilibrio de ligamiento con otra u otras variantes&#44; constituyendo un haplotipo caracter&#237;stico&#46; Sharma&#44; et al<span class="elsevierStyleSup">6</span> consideran que para un gen candidato&#44; la selecci&#243;n&#44; genotipificaci&#243;n y an&#225;lisis de frecuencia de&#44; al menos&#44; tres polimorfismos comunes permite la identificaci&#243;n de variantes en desequilibrio de ligamiento y la identificaci&#243;n de sinergias&#46; En un estudio de casos y controles de base poblacional en el que se hayan genotipificado SNP pr&#243;ximos y dado que por definici&#243;n se desconoce la fase&#44; pueden inferirse haplotipos mediante el uso de software gen&#233;ticos&#58; &#40;GDA&#58; http&#58;&#47;&#47;hydrodictyon&#46;eeb&#46;uconn&#46;edu&#47;people&#47;plewis&#47;software&#46;php y Arlequ&#237;n&#58; http&#58;&#47;&#47;lgb&#46;unige&#46;ch&#47;arlequin&#47;&#41;&#44; pero no determinarse en su totalidad ni asociarse con un fenotipo mensurable en un sujeto dado &#40;excepto para los genotipificados como homocig&#243;ticos para todos los SNP evaluados en un locus&#41;&#46; A d&#237;a de hoy&#44; la informaci&#243;n sobre haplotipos comienza a estar disponible en red y por lo tanto resulta de inter&#233;s elegir y validar la utilidad pron&#243;stica o terap&#233;utica de variantes funcionales&#46;</p><p class="elsevierStylePara">Las asociaciones positivas encontradas en una determinada poblaci&#243;n utilizando una o unas pocas variantes suelen no replicarse en otras poblaciones&#46; La ausencia de replicaci&#243;n constituye un argumento fundamental entre los autores m&#225;s cr&#237;ticos con los estudios de asociaci&#243;n&#46; Al margen de los problemas derivados de errores de genotipificaci&#243;n&#44; mezclas poblacionales&#44; elecci&#243;n de genes candidatos&#44; caracterizaci&#243;n inadecuada de los casos y&#47;o de los controles&#44; reclutamiento inadecuado de los casos y&#47;o de los controles&#44; diferencias en la exposici&#243;n ambiental&#44; la falta de poder estad&#237;stico subyace en la mayor parte de los estudios que muestran ausencia de asociaci&#243;n &#40;tabla 4&#41;&#46; La soluci&#243;n no es sencilla&#44; puesto que el reclutamiento de un mayor n&#250;mero de casos y de controles tampoco lo es&#46;</p><p class="elsevierStylePara">Un estudio de asociaci&#243;n gen&#233;tica retrospectivo de casos y controles debe cumplir por tanto una serie de requisitos sucintamente presentados en los p&#225;rrafos anteriores&#46;</p><p class="elsevierStylePara"><span class="elsevierStyleBold">GENOTIPIFICACI&#211;N A GRAN ESCALA Y ESTUDIOS DE ASOCIACI&#211;N GEN&#211;MICA AMPLIA O DE GENOMA COMPLETO</span></p><p class="elsevierStylePara"><span class="elsevierStyleBold"></span>El Proyecto Internacional HapMap &#40;http&#58;&#47;&#47;www&#46;hapmap&#46;org&#47;index&#46;html&#46;en&#41; se define como un esfuerzo de varios pa&#237;ses para identificar y catalogar las similitudes y diferencias gen&#233;ticas de los seres humanos a este nivel<span class="elsevierStyleSup">14</span>&#46; Como comentamos al inicio&#44; la metodolog&#237;a y la interpretaci&#243;n de los resultados obtenidos difiere de los an&#225;lisis de genes candidatos en individuos no relacionados&#46; Las plataformas de an&#225;lisis gen&#233;ticos de alto rendimiento ha cambiado el panorama de los estudios de asociaci&#243;n permitiendo genotipificar m&#250;ltiples polimorfismos aunque necesariamente ampliando el tama&#241;o de la muestra necesaria&#46; La fusi&#243;n de las tecnolog&#237;as de genotipificaci&#243;n a gran escala con la informaci&#243;n disponible en el proyecto internacional HapMap ha permitido la posibilidad de establecer estudios de asociaci&#243;n g&#233;nica utilizando la informaci&#243;n denominada como de asociaci&#243;n gen&#243;mica amplia o de genoma completo &#40;WGA&#41;&#46; En estos estudios el HapMap provee la informaci&#243;n de los denominados &#171;tag SNPs&#187; definidos como el conjunto m&#237;nimo de SNP necesarios para detectar un haplotipo&#46; El proyecto ha ido por fases&#46; En la primera se reclutaron tr&#237;os &#40;madre&#44; padre e hijos&#41; a partir de los cuales se identificaron SNP localizados a una distancia de 5 kb y con una frecuencia superior al 5&#37;&#46; Caracterizaron entonces su estructura en haplotipos para definir los &#171;tags&#187;&#46; En una segunda fase&#44; la identificaci&#243;n de &#171;tags&#187; asociados con una determinada enfermedad permite inferir la estructura del haplotipo disminuyendo la necesidad de genotipificar todas las variantes y permitiendo adem&#225;s localizar genes candidatos pr&#243;ximos&#46; Este tipo de estudios&#44; aunque cada vez m&#225;s asequibles&#44; requiere a d&#237;a de hoy de importantes recursos tanto humanos como financieros&#44; pero suponen tambi&#233;n un paso importante hacia la caracterizaci&#243;n de variables cl&#237;nicamente relevantes&#46; Sin embargo&#44; la tecnolog&#237;a asociada a la genotipificaci&#243;n no est&#225; exenta de problemas<span class="elsevierStyleSup">15</span>&#46; Incluso cuando se realiza un esfuerzo de esta magnitud son pocas las variantes estad&#237;sticamente asociadas a la enfermedad que sobreviven al proceso de replicado<span class="elsevierStyleSup">16</span>&#46; Surge&#44; adem&#225;s&#44; el problema de las correcciones cuando se realizan m&#250;ltiples comparaciones estad&#237;sticas<span class="elsevierStyleSup">9&#44;10</span>&#46;</p><p class="elsevierStylePara"><span class="elsevierStyleBold">UTILIDAD CL&#205;NICA</span></p><p class="elsevierStylePara">El entusiasmo inicialmente suscitado por los estudios de asociaci&#243;n gen&#233;tica se bas&#243; en la facilidad con la que permit&#237;an ir un paso m&#225;s all&#225; sobre la aproximaci&#243;n epidemiol&#243;gica convencional en el conocimiento de la causalidad de la enfermedad y&#47;o en la de los factores de riesgo asociados a la enfermedad &#40;figura 1&#41;&#46; Para uno o varios genes candidatos&#44; la mayor&#237;a de los centros hospitalarios pod&#237;an&#44; por ejemplo&#44; realizar amplificaciones por PCR y digesti&#243;n enzim&#225;tica de una serie de polimorfismos en genes de inter&#233;s una vez reclutados sus casos y controles&#46; Sin embargo&#44; esta informaci&#243;n &#250;nica quedaba sesgada&#46; Esta relativa facilidad permiti&#243; un crecimiento exponencial del n&#250;mero de trabajos publicados y&#44; concomitantemente&#44; la aparici&#243;n de un sector cr&#237;tico a su utilidad real&#46; Algunos autores se&#241;alan adem&#225;s que&#44; puesto que la acci&#243;n o efecto de una determinada variante dentro de un gen debe interpretarse en el contexto de una red compleja que incluya adem&#225;s de interacciones con otras variantes y con el medio ambiente&#44; la propia complejidad de la ruta biol&#243;gica en la cual el gen est&#225; inmerso&#44; deber&#237;a plantearse inicialmente la validez de una estrategia de asociaci&#243;n<span class="elsevierStyleSup">7</span>&#46; En muchos de estos estudios inicialmente realizados&#44; la cuesti&#243;n cr&#237;tica fundamental la constituy&#243; la ausencia de reproducibilidad en otras series y poblaciones&#46; Sin embargo&#44; cabe se&#241;alar que el denominador com&#250;n que justifica en muchos casos la falta de reproducibilidad no depende tanto de la poblaci&#243;n analizada sino&#44; como hemos comentado&#44; de la ausencia de poder estad&#237;stico&#44; constituy&#233;ndose &#233;ste en el error principal&#46; Puesto que la tecnolog&#237;a emergente permite adem&#225;s aumentar de forma exponencial el n&#250;mero de variaciones a analizar es reclutar de manera adecuada la poblaci&#243;n un requisito fundamental y un problema mayor&#46; En nuestro &#225;mbito&#44; la Ley de investigaci&#243;n biom&#233;dica 14&#47;2007&#44; de 3 de julio&#44; regula el tipo de estudios gen&#233;ticos que pueden realizarse&#44; la estructura de los consentimientos informados necesarios&#44; el proceso de anonimizaci&#243;n de las muestras y su almacenamiento&#44; utilizaci&#243;n y cesi&#243;n futura&#46; Por tanto&#44; asociado a los problemas sucintamente presentados en los p&#225;rrafos anteriores&#58; inadecuada caracterizaci&#243;n de la poblaci&#243;n en estudio&#44; falta de una adecuada evaluaci&#243;n de la poblaci&#243;n&#44; reclutamiento inadecuado de los casos y&#47;o de los controles&#44; tama&#241;o de muestra insuficiente&#44; falta de replicaci&#243;n de las asociaciones analizadas&#44; se genera un cierto escepticismo que puede&#44; sin embargo&#44; rebatirse con&#44; por ejemplo&#44; una caracterizaci&#243;n de fenotipos adecuados&#44; an&#225;lisis de fenotipos intermedios&#44; evaluaci&#243;n de fenotipos mensurables&#44; caracterizando haplotipos&#44; an&#225;lisis de la estructura poblacional&#44; de forma que los estudios de asociaci&#243;n gen&#233;tica preserven su cualidad como una de las herramientas de aproximaci&#243;n pr&#225;ctica m&#225;s poderosas que existen<span class="elsevierStyleSup">9</span>&#46;</p><p class="elsevierStylePara"><a href="grande&#47;437527&#95;tabla1&#46;jpg" class="elsevierStyleCrossRefs"><img src="437527_tabla1.gif"></img></a></p><p class="elsevierStylePara">Tabla 1&#46; </p><p class="elsevierStylePara"><a href="grande&#47;437527&#95;tabla2&#46;jpg" class="elsevierStyleCrossRefs"><img src="437527_tabla2.gif"></img></a></p><p class="elsevierStylePara">Tabla 2&#46; </p><p class="elsevierStylePara"><a href="grande&#47;437527&#95;tabla3&#46;jpg" class="elsevierStyleCrossRefs"><img src="437527_tabla3.gif"></img></a></p><p class="elsevierStylePara">Tabla 3&#46; </p><p class="elsevierStylePara"><a href="grande&#47;437527&#95;tabla4&#46;jpg" class="elsevierStyleCrossRefs"><img src="437527_tabla4.gif"></img></a></p><p class="elsevierStylePara">Tabla 4&#46; </p><p class="elsevierStylePara"><a href="grande&#47;437527&#95;figura1&#46;jpg" class="elsevierStyleCrossRefs"><img src="437527_figura1.jpg"></img></a></p><p class="elsevierStylePara">Figura 1&#46; </p>"
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Guía práctica a los estudios de asociación genética. Consideraciones sobre su utilidad clínica
Practical Guide to genetic association studies. Considerations on their clinical usefulness
F.. Rodríguez Esparragóna, José Carlos Rodríguez Pérezb, M.A.. García Belloa
a Unidad de Investigación, Hospital Universitario de Gran Canaria Dr. Negrín, Gran Canaria, Islas Canarias, España,
b Unidad de Investigación, Hospital Universitario de Gran Canaria Dr. Negrín, Universidad de Las Palmas de Gran Canaria, Gran Canaria, Islas Canarias, España,
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Los m&#233;todos y la interpretaci&#243;n de los resultados de los estudios gen&#233;ticos con base familiar son distintos y no ser&#225;n objetivo de esta revisi&#243;n&#46; Insistimos en nuestra intenci&#243;n de se&#241;alar&#44; &#250;nicamente&#44; una serie de pautas de aplicaci&#243;n pr&#225;ctica y no la de pretender la realizaci&#243;n de una aproximaci&#243;n a la epidemiolog&#237;a gen&#233;tica&#46; Se&#241;alaremos algunas consideraciones sobre la relevancia cl&#237;nica de estos estudios y analizaremos la situaci&#243;n actual y su supervivencia frente a los estudios de asociaci&#243;n a genoma completo&#46;</p><p class="elsevierStylePara"><span class="elsevierStyleBold">&#191;EST&#193;N CORRECTAMENTE SELECCIONADOS LOS PACIENTES&#63; ADECUACI&#211;N DEL FENOTIPO</span></p><p class="elsevierStylePara">La caracterizaci&#243;n adecuada del fenotipo asociado con una determinada enfermedad ha de realizarse de acuerdo con aquellos criterios cl&#237;nicos sobre los cuales haya un consenso m&#233;dico-cient&#237;fico claramente establecido&#46; La mayor parte de las Sociedades cient&#237;ficas establecen estos criterios y&#44; por supuesto&#44; sus correspondientes&#160; actualizaciones&#44; a medida que aumenta el conocimiento sobre el desarrollo y la evoluci&#243;n de la enfermedad&#46; En la realidad de la pr&#225;ctica cl&#237;nica no siempre es posible establecer un fenotipo certero aunque se sigan rigurosamente estos criterios&#46;</p><p class="elsevierStylePara"><span class="elsevierStyleBold">&#191;ES ADECUADO EL TAMA&#209;O DE LA MUESTRA&#63;</span></p><p class="elsevierStylePara">El c&#225;lculo del tama&#241;o de la muestra &#40;tabla 1&#41; en un estudio de casos y controles que incluya informaci&#243;n gen&#233;tica es objetivo de estudio y modelizaci&#243;n constante<span class="elsevierStyleSup">4</span>&#46; Una aproximaci&#243;n com&#250;n al c&#225;lculo del tama&#241;o de la muestra en un estudio de asociaci&#243;n gen&#233;tica no difiere de la que se realiza en un estudio cl&#237;nico habitual tipo expuestos&#47;no expuestos y se basa en establecer previamente la magnitud de la diferencia que debe detectarse&#46; En nuestro caso en particular&#44; se traducir&#237;a en establecer a priori la diferencia entre la frecuencia al&#233;lica o genot&#237;pica entre nuestras poblaciones&#46; Asimismo&#44; deberemos conocer la frecuencia de los alelos &#40;todos los que se quieran considerar&#41; en la poblaci&#243;n control&#44; el valor del error de tipo I&#44; es decir&#44; el error que se comete cuando se rechaza la hip&#243;tesis nula siendo verdadera y el valor del error de tipo II&#44; que es el error que se comete cuando se acepta la hip&#243;tesis nula siendo falsa&#46; Habitualmente se trabaja con una seguridad de que no cometamos un error del tipo I del 95&#37; &#40;probabilidad&#44; &#945; &#61; 0&#44;05&#41; y del tipo II comprendida entre un 5 y un 20&#37;&#44; si bien&#44; en general&#44; se establece sobre un 20&#37; &#40;probabilidad&#44; &#946; &#61; 0&#44;2&#41;&#46; As&#237; nos aseguramos un poder estad&#237;stico &#40;1 - &#946;&#41; del 80&#37;&#46; Hay otros aspectos que tambi&#233;n debemos considerar&#44; como la tasa previsible de errores y el tipo de errores esperables en nuestro procedimiento de genotipificaci&#243;n&#44; que deben compensarse con un mayor tama&#241;o de la muestra a fin de no ver disminuido nuestro poder estad&#237;stico&#46; Algunas herramientas &#171;on-line&#187; nos ayudan realizar estos c&#225;lculos&#46; Entre otras&#58; <a href="http&#58;&#47;&#47;linkage&#46;rockefeller&#46;edu&#47;pawe&#47;" class="elsevierStyleCrossRefs">http&#58;&#47;&#47;linkage&#46;rockefeller&#46;edu&#47;pawe&#47;</a> y <a href="http&#58;&#47;&#47;hydra&#46;usc&#46;edu&#47;GxE&#47;" class="elsevierStyleCrossRefs">http&#58;&#47;&#47;hydra&#46;usc&#46;edu&#47;GxE&#47;</a>&#46;</p><p class="elsevierStylePara"><span class="elsevierStyleBold">CONSIDERACIONES SOBRE LOS CASOS</span></p><p class="elsevierStylePara">De forma ideal se han de reclutar casos incidentes&#46; Conociendo previamente la frecuencia al&#233;lica de las variantes que van a estudiarse y antes de proceder a la fase de reclutamiento y conociendo la dificultad inherente a un fenotipo certero&#44; podr&#237;a intentarse aumentar el n&#250;mero de sujetos &#171;casos&#187; que deben estudiarse a trav&#233;s de distintas alternativas&#58; en primer lugar&#44; incrementando su n&#250;mero siendo menos estrictos en la definici&#243;n de nuestro fenotipo&#44; por ejemplo&#44; &#171;enfermedad renal &#187;&#44; con lo que se aumenta la heterogeneidad y disminuye la certeza de causalidad de los alelos que se eval&#250;an&#59; o bien&#44; por otro lado&#44; podr&#237;amos ser m&#225;s rigurosos en los criterios de selecci&#243;n de fenotipos incrementando la homogeneidad pero reduciendo&#44; necesariamente&#44; el n&#250;mero de casos reclutados&#46; De manera alternativa&#44; puede aumentarse la duraci&#243;n de la fase de reclutamiento&#46; La elecci&#243;n entre una u otra alternativa depende de varios factores&#44; de forma principal de la frecuencia al&#233;lica de la variaci&#243;n o de las variaciones en el&#47;los gen&#40;es&#41; candidato que debe estudiarse&#46; Si optamos por utilizar un criterio amplio en la selecci&#243;n de casos&#44; resulta esperable que los genes candidatos est&#233;n presentes en un subconjunto inferior de nuestros casos a estudiar&#59; por tanto&#44; debido al menor tama&#241;o de efecto esperado perderemos al menos parte del poder estad&#237;stico que esper&#225;bamos alcanzar al hacer una definici&#243;n m&#225;s amplia de nuestro fenotipo&#46; Por tanto&#44; a la hora de definir los casos debemos ponderar si el incremento de casos disponibles compensa la p&#233;rdida del poder&#160; estad&#237;stico que se deriva de una menor diferencia de frecuencias esperadas&#46; Si la definici&#243;n del fenotipo la posponemos hasta el momento en que realizamos los an&#225;lisis de nuestros resultados disponemos de alternativas&#46; Algunos autores&#44; como Chen y Lee&#44; han creado un m&#233;todo cuantitativo y sencillo que nos permite establecer y sistematizar&#44; en funci&#243;n de las frecuencias al&#233;licas y de la existencia de al menos dos posibles tipos de &#171;casos&#187; cuando podemos o no incrementar el tama&#241;o de la muestra de casos uniendo ambos tipos de casos<span class="elsevierStyleSup">5</span>&#46; No obstante&#44; cient&#237;ficamente lo m&#225;s adecuado es anticipar estas cuestiones en la fase de dise&#241;o del estudio y no cuando procedamos a realizar los an&#225;lisis estad&#237;sticos&#44; ya que podr&#237;amos correr el riesgo de sobreajustar los datos y obtener resultados espurios de dif&#237;cil replicabilidad&#46;</p><p class="elsevierStylePara"><span class="elsevierStyleBold">CONSIDERACIONES SOBRE LOS CONTROLES</span></p><p class="elsevierStylePara">Arya Sharma y Xavier Jeunemaitre<span class="elsevierStyleSup">6</span>&#44; reputados autores en el &#225;rea&#44; se&#241;alan una dificultad y un error com&#250;n en la selecci&#243;n y reclutamiento de la poblaci&#243;n control&#46; La dificultad deviene de la propia naturaleza de la poblaci&#243;n de controles&#46; Mientras que para la mayor&#237;a de los investigadores hospitalarios la inclusi&#243;n de pacientes no ha supuesto un problema&#44; s&#237; lo ha sido reclutar controles&#44; ya que requieren de una base poblacional que necesita de recursos espec&#237;ficos&#46; Dado que un control es potencialmente un caso&#44; un sesgo com&#250;n es incluir a controles de&#44; por ejemplo&#44; bancos de sangre o de trabajadores sanos del medio&#46; La ventaja que te&#243;ricamente pudiera suponer la selecci&#243;n de estos candidatos definidos como &#171;hipernormales &#187; ya que&#44; en teor&#237;a&#44; redundar&#237;a en una mayor diferencia en las frecuencias al&#233;licas entre poblaci&#243;n afectada y la de controles es&#44; en realidad&#44; m&#237;nima y pudiera enmascarar otros fenotipos de selecci&#243;n positiva hacia la supervivencia<span class="elsevierStyleSup">7-9</span>&#46; De igual forma&#44; la selecci&#243;n de controles que sean casos no diagnosticados supone una reducci&#243;n del poder estad&#237;stico en nuestro estudio<span class="elsevierStyleSup">10</span>&#46;</p><p class="elsevierStylePara"><span class="elsevierStyleBold">SOBRE EL AN&#193;LISIS ESTAD&#205;STICO Y LA ASOCIACI&#211;N ESTAD&#205;STICA</span></p><p class="elsevierStylePara">Podemos establecer una selecci&#243;n del fenotipo que debe estudiarse caracteriz&#225;ndolo como un rasgo dicot&#243;mico&#58; diab&#233;ticos frente a no diab&#233;ticos&#44; hipertensos frente a normotensos o intentar acotar m&#225;s la variabilidad reduciendo la incertidumbre ambiental y ganando en influencia del genotipo mediante la evaluaci&#243;n de los denominados fenotipos intermedios&#44; es decir&#44; evaluando uno o varios caracteres mensurables que vinculen a trav&#233;s de rutas biol&#243;gicas plausibles nuestro&#40;s&#41; gen&#40;es&#41; candidato&#40;s&#41; con la enfermedad&#46; La aproximaci&#243;n estad&#237;stica m&#225;s convencional a una u otra alternativa implica la realizaci&#243;n de modelos multivariantes&#46;</p><p class="elsevierStylePara">En estudios con m&#250;ltiples comparaciones debemos utilizar correcciones que nos permitan no incrementar nuestra probabilidad de cometer error tipo I &#40;tabla 2&#41;&#46; El procedimiento de Bonferroni consiste en dividir el alfa por el n&#250;mero de comparaciones a estimar&#58; si existen aproximadamente 10<span class="elsevierStyleSup">6</span> variantes en el genoma&#44; el umbral de valor de p corregida para todas las comparaciones ser&#237;a p &#61; 0&#44;05&#47;10<span class="elsevierStyleSup">6</span> &#61; 5 X 10<span class="elsevierStyleSup">-8</span>&#46; Esto nos obliga a necesitar un tama&#241;o de muestra muy elevado si pretendemos detectar diferencias moderadas&#46; Por ello&#44; se utilizan f&#243;rmulas de correcci&#243;n menos conservadoras&#44; como el False Discovery Rate&#46; No obstante&#44; tambi&#233;n con este procedimiento se necesita&#44; en caso de hacer numerosas comparaciones&#44; incrementar de manera prohibitiva el tama&#241;o de nuestra muestra&#46;</p><p class="elsevierStylePara">El an&#225;lisis estad&#237;stico utilizado puede otorgarnos mayor poder estad&#237;stico &#40;tabla 3&#41;&#46; As&#237;&#44; si conocemos el modelo gen&#233;tico &#40;aditivo-recesivo-dominante&#41;&#44; debemos utilizar el test de Cochran-Armitage&#46; No obstante&#44; en general no conocemos el modelo gen&#233;tico de nuestros genes candidatos&#44; y aunque nos ofrezca mayor poder&#44; tambi&#233;n es cierto que resulta menos robusto que la tradicional prueba de la Chi-cuadrado de Pearson&#44; por lo que en caso de incumplimiento de los supuestos que establezcamos sobre el modelo gen&#233;tico se invalidar&#237;an los resultados&#46;</p><p class="elsevierStylePara"><span class="elsevierStyleBold">AN&#193;LISIS DE MEZCLAS POBLACIONALES</span></p><p class="elsevierStylePara">Derivado de la teor&#237;a evolutiva actual surge la necesidad en medicina de evaluar la heterogeneidad gen&#233;tica de la poblaci&#243;n en estudio&#46; Los estudios realizados muestran que la variaci&#243;n en la frecuencia de los alelos asociados con la enfermedad entre poblaciones dispares aunque existe es&#44; en realidad&#44; bastante peque&#241;a<span class="elsevierStyleSup">7</span>&#46; Pudiera ocurrir que la asociaci&#243;n dependiera por completo de la exposici&#243;n a cierto determinante ambiental cuya frecuencia variase seg&#250;n la localizaci&#243;n geogr&#225;fica y que&#44; por tanto&#44; la frecuencia de estos alelos por selecci&#243;n variase<span class="elsevierStyleSup">7</span>&#46; Cuando se realizan mezclas poblacionales que difieren en frecuencias al&#233;licas por razones gen&#233;ticas o ambientales la asociaci&#243;n pudiera resultar espuria&#46; Por tanto&#44; se hace necesaria la selecci&#243;n&#44; genotipificaci&#243;n y an&#225;lisis de marcadores neutrales &#40;alelos nulos&#44; SNP no ligados&#44; inserciones&#47;deleciones&#41; a trav&#233;s de dos estrategias diferentes denominadas &#171;genomic control&#187; y &#171;structured association&#187;&#58; http&#58;&#47;&#47;pritch&#46;bsd&#46;uchicago&#46;edu&#47;structure&#46;html y http&#58;&#47;&#47;wpicr&#46;wpic&#46;pitt&#46;edu&#47;WPICCompGen&#47;genomic&#95;control&#47;genomic&#95;control&#46;htm</p><p class="elsevierStylePara"><span class="elsevierStyleBold">ELECCI&#211;N DE GENES CANDIDATOS</span></p><p class="elsevierStylePara">Puesto que en nuestra aproximaci&#243;n hemos decidido evaluar polimorfismos g&#233;nicos en genes candidatos&#44; nos interesa&#44; en primer lugar&#44; determinar el n&#250;mero y los genes que analizaremos&#46; Tradicionalmente los genes candidatos evaluados se han escogido en funci&#243;n del conocimiento disponible sobre la actividad del producto g&#233;nico en la enfermedad que debe estudiarse&#44; del conocimiento sobre la funci&#243;n de la prote&#237;na codificada por el gen&#44; del derivado de los estudios en modelos animales&#44; del que puede presuponerse a trav&#233;s del fenotipo asociado con las formas monog&#233;nicas de la enfermedad&#44; del derivado de estudios de ligamiento g&#233;nico y de los datos disponibles a priori&#44; as&#237; como del obtenido a trav&#233;s de metaan&#225;lisis<span class="elsevierStyleSup">8</span>&#46; Si adem&#225;s las variantes que deben analizarse se sit&#250;an en regiones de inter&#233;s en los genes&#44; esto se traduce&#44; por ejemplo&#44; en un cambio de amino&#225;cido &#40;variantes no sin&#243;nimas&#41;&#44; o bien afectan a la estabilidad o al procesamiento del mensajero&#44; o se encuentra en regiones reguladoras del gen&#44; la variante ser&#225; probablemente&#44; de mayor utilidad<span class="elsevierStyleSup">11</span>&#46; Una estrategia alternativa en la selecci&#243;n de genes candidatos es la selecci&#243;n de variantes &#171;tags&#187;&#44; es decir&#44; variantes de las que se dispone de informaci&#243;n previa&#44; obtenida de estudios de ligamiento&#44; y que a su vez pudieran ligarse a alelos de susceptiblidad<span class="elsevierStyleSup">12</span>&#46;</p><p class="elsevierStylePara">En un &#225;rea de trabajo enormemente activa como es la bioinform&#225;tica&#44; sorprende el escaso n&#250;mero de herramientas que ayudan en la labor clave de la selecci&#243;n de genes candidatos<span class="elsevierStyleSup">13</span>&#46; Existen&#44; no obstante&#44; una serie de programas on-line&#58; http&#58;&#47;&#47;omicspace&#46;riken&#46;jp&#47;PosMed&#47;&#44; http&#58;&#47;&#47;www&#46;genesniffer&#46;org&#47;index&#47;index&#95;frameset&#46;htm y http&#58;&#47;&#47;www&#46;genetics&#46;med&#46;ed&#46;ac&#46;uk&#47;suspects&#47;&#46; Estos programas integran la informaci&#243;n proveniente de estas plataformas de an&#225;lisis gen&#233;tico de alto rendimiento conjuntamente con la informaci&#243;n derivada de los estudios de expresi&#243;n permitiendo la aparici&#243;n del t&#233;rmino convergencia a la selecciones de regiones y genes candidatos&#46;</p><p class="elsevierStylePara"><span class="elsevierStyleBold">FENOTIPO CUANTIFICABLE Y DEMOSTRACI&#211;N EXPERIMENTAL DEL FENOTIPO CUANTIFICABLE</span></p><p class="elsevierStylePara">Identificar y medir el mayor n&#250;mero de par&#225;metros biol&#243;gicos implicados de manera directa con el gen y su producto o con la ruta biol&#243;gica en la cual aquel est&#225; implicado aumenta sustancialmente la capacidad de informaci&#243;n del estudio&#46; Aumenta la rigurosidad si&#44; adem&#225;s&#44; se demuestra de forma experimental que la propia variable se asocia con otras variables en regiones clave del gen o que afecta funcionalmente al gen o a la prote&#237;na<span class="elsevierStyleSup">6</span>&#46;</p><p class="elsevierStylePara"><span class="elsevierStyleBold">&#191;TIENE SENTIDO EL ESTUDIO Y AN&#193;LISIS DE UN N&#218;MERO RELATIVAMENTE PEQUE&#209;O DE POLIMORFISMOS&#63;</span></p><p class="elsevierStylePara"><span class="elsevierStyleBold"></span>Un an&#225;lisis de un solo polimorfismo puede llevar a asociaciones espurias&#44; entre otros motivos&#44; porque la variante puede encontrarse en desequilibrio de ligamiento con otra u otras variantes&#44; constituyendo un haplotipo caracter&#237;stico&#46; Sharma&#44; et al<span class="elsevierStyleSup">6</span> consideran que para un gen candidato&#44; la selecci&#243;n&#44; genotipificaci&#243;n y an&#225;lisis de frecuencia de&#44; al menos&#44; tres polimorfismos comunes permite la identificaci&#243;n de variantes en desequilibrio de ligamiento y la identificaci&#243;n de sinergias&#46; En un estudio de casos y controles de base poblacional en el que se hayan genotipificado SNP pr&#243;ximos y dado que por definici&#243;n se desconoce la fase&#44; pueden inferirse haplotipos mediante el uso de software gen&#233;ticos&#58; &#40;GDA&#58; http&#58;&#47;&#47;hydrodictyon&#46;eeb&#46;uconn&#46;edu&#47;people&#47;plewis&#47;software&#46;php y Arlequ&#237;n&#58; http&#58;&#47;&#47;lgb&#46;unige&#46;ch&#47;arlequin&#47;&#41;&#44; pero no determinarse en su totalidad ni asociarse con un fenotipo mensurable en un sujeto dado &#40;excepto para los genotipificados como homocig&#243;ticos para todos los SNP evaluados en un locus&#41;&#46; A d&#237;a de hoy&#44; la informaci&#243;n sobre haplotipos comienza a estar disponible en red y por lo tanto resulta de inter&#233;s elegir y validar la utilidad pron&#243;stica o terap&#233;utica de variantes funcionales&#46;</p><p class="elsevierStylePara">Las asociaciones positivas encontradas en una determinada poblaci&#243;n utilizando una o unas pocas variantes suelen no replicarse en otras poblaciones&#46; La ausencia de replicaci&#243;n constituye un argumento fundamental entre los autores m&#225;s cr&#237;ticos con los estudios de asociaci&#243;n&#46; Al margen de los problemas derivados de errores de genotipificaci&#243;n&#44; mezclas poblacionales&#44; elecci&#243;n de genes candidatos&#44; caracterizaci&#243;n inadecuada de los casos y&#47;o de los controles&#44; reclutamiento inadecuado de los casos y&#47;o de los controles&#44; diferencias en la exposici&#243;n ambiental&#44; la falta de poder estad&#237;stico subyace en la mayor parte de los estudios que muestran ausencia de asociaci&#243;n &#40;tabla 4&#41;&#46; La soluci&#243;n no es sencilla&#44; puesto que el reclutamiento de un mayor n&#250;mero de casos y de controles tampoco lo es&#46;</p><p class="elsevierStylePara">Un estudio de asociaci&#243;n gen&#233;tica retrospectivo de casos y controles debe cumplir por tanto una serie de requisitos sucintamente presentados en los p&#225;rrafos anteriores&#46;</p><p class="elsevierStylePara"><span class="elsevierStyleBold">GENOTIPIFICACI&#211;N A GRAN ESCALA Y ESTUDIOS DE ASOCIACI&#211;N GEN&#211;MICA AMPLIA O DE GENOMA COMPLETO</span></p><p class="elsevierStylePara"><span class="elsevierStyleBold"></span>El Proyecto Internacional HapMap &#40;http&#58;&#47;&#47;www&#46;hapmap&#46;org&#47;index&#46;html&#46;en&#41; se define como un esfuerzo de varios pa&#237;ses para identificar y catalogar las similitudes y diferencias gen&#233;ticas de los seres humanos a este nivel<span class="elsevierStyleSup">14</span>&#46; Como comentamos al inicio&#44; la metodolog&#237;a y la interpretaci&#243;n de los resultados obtenidos difiere de los an&#225;lisis de genes candidatos en individuos no relacionados&#46; Las plataformas de an&#225;lisis gen&#233;ticos de alto rendimiento ha cambiado el panorama de los estudios de asociaci&#243;n permitiendo genotipificar m&#250;ltiples polimorfismos aunque necesariamente ampliando el tama&#241;o de la muestra necesaria&#46; La fusi&#243;n de las tecnolog&#237;as de genotipificaci&#243;n a gran escala con la informaci&#243;n disponible en el proyecto internacional HapMap ha permitido la posibilidad de establecer estudios de asociaci&#243;n g&#233;nica utilizando la informaci&#243;n denominada como de asociaci&#243;n gen&#243;mica amplia o de genoma completo &#40;WGA&#41;&#46; En estos estudios el HapMap provee la informaci&#243;n de los denominados &#171;tag SNPs&#187; definidos como el conjunto m&#237;nimo de SNP necesarios para detectar un haplotipo&#46; El proyecto ha ido por fases&#46; En la primera se reclutaron tr&#237;os &#40;madre&#44; padre e hijos&#41; a partir de los cuales se identificaron SNP localizados a una distancia de 5 kb y con una frecuencia superior al 5&#37;&#46; Caracterizaron entonces su estructura en haplotipos para definir los &#171;tags&#187;&#46; En una segunda fase&#44; la identificaci&#243;n de &#171;tags&#187; asociados con una determinada enfermedad permite inferir la estructura del haplotipo disminuyendo la necesidad de genotipificar todas las variantes y permitiendo adem&#225;s localizar genes candidatos pr&#243;ximos&#46; Este tipo de estudios&#44; aunque cada vez m&#225;s asequibles&#44; requiere a d&#237;a de hoy de importantes recursos tanto humanos como financieros&#44; pero suponen tambi&#233;n un paso importante hacia la caracterizaci&#243;n de variables cl&#237;nicamente relevantes&#46; Sin embargo&#44; la tecnolog&#237;a asociada a la genotipificaci&#243;n no est&#225; exenta de problemas<span class="elsevierStyleSup">15</span>&#46; Incluso cuando se realiza un esfuerzo de esta magnitud son pocas las variantes estad&#237;sticamente asociadas a la enfermedad que sobreviven al proceso de replicado<span class="elsevierStyleSup">16</span>&#46; Surge&#44; adem&#225;s&#44; el problema de las correcciones cuando se realizan m&#250;ltiples comparaciones estad&#237;sticas<span class="elsevierStyleSup">9&#44;10</span>&#46;</p><p class="elsevierStylePara"><span class="elsevierStyleBold">UTILIDAD CL&#205;NICA</span></p><p class="elsevierStylePara">El entusiasmo inicialmente suscitado por los estudios de asociaci&#243;n gen&#233;tica se bas&#243; en la facilidad con la que permit&#237;an ir un paso m&#225;s all&#225; sobre la aproximaci&#243;n epidemiol&#243;gica convencional en el conocimiento de la causalidad de la enfermedad y&#47;o en la de los factores de riesgo asociados a la enfermedad &#40;figura 1&#41;&#46; Para uno o varios genes candidatos&#44; la mayor&#237;a de los centros hospitalarios pod&#237;an&#44; por ejemplo&#44; realizar amplificaciones por PCR y digesti&#243;n enzim&#225;tica de una serie de polimorfismos en genes de inter&#233;s una vez reclutados sus casos y controles&#46; Sin embargo&#44; esta informaci&#243;n &#250;nica quedaba sesgada&#46; Esta relativa facilidad permiti&#243; un crecimiento exponencial del n&#250;mero de trabajos publicados y&#44; concomitantemente&#44; la aparici&#243;n de un sector cr&#237;tico a su utilidad real&#46; Algunos autores se&#241;alan adem&#225;s que&#44; puesto que la acci&#243;n o efecto de una determinada variante dentro de un gen debe interpretarse en el contexto de una red compleja que incluya adem&#225;s de interacciones con otras variantes y con el medio ambiente&#44; la propia complejidad de la ruta biol&#243;gica en la cual el gen est&#225; inmerso&#44; deber&#237;a plantearse inicialmente la validez de una estrategia de asociaci&#243;n<span class="elsevierStyleSup">7</span>&#46; En muchos de estos estudios inicialmente realizados&#44; la cuesti&#243;n cr&#237;tica fundamental la constituy&#243; la ausencia de reproducibilidad en otras series y poblaciones&#46; Sin embargo&#44; cabe se&#241;alar que el denominador com&#250;n que justifica en muchos casos la falta de reproducibilidad no depende tanto de la poblaci&#243;n analizada sino&#44; como hemos comentado&#44; de la ausencia de poder estad&#237;stico&#44; constituy&#233;ndose &#233;ste en el error principal&#46; Puesto que la tecnolog&#237;a emergente permite adem&#225;s aumentar de forma exponencial el n&#250;mero de variaciones a analizar es reclutar de manera adecuada la poblaci&#243;n un requisito fundamental y un problema mayor&#46; En nuestro &#225;mbito&#44; la Ley de investigaci&#243;n biom&#233;dica 14&#47;2007&#44; de 3 de julio&#44; regula el tipo de estudios gen&#233;ticos que pueden realizarse&#44; la estructura de los consentimientos informados necesarios&#44; el proceso de anonimizaci&#243;n de las muestras y su almacenamiento&#44; utilizaci&#243;n y cesi&#243;n futura&#46; Por tanto&#44; asociado a los problemas sucintamente presentados en los p&#225;rrafos anteriores&#58; inadecuada caracterizaci&#243;n de la poblaci&#243;n en estudio&#44; falta de una adecuada evaluaci&#243;n de la poblaci&#243;n&#44; reclutamiento inadecuado de los casos y&#47;o de los controles&#44; tama&#241;o de muestra insuficiente&#44; falta de replicaci&#243;n de las asociaciones analizadas&#44; se genera un cierto escepticismo que puede&#44; sin embargo&#44; rebatirse con&#44; por ejemplo&#44; una caracterizaci&#243;n de fenotipos adecuados&#44; an&#225;lisis de fenotipos intermedios&#44; evaluaci&#243;n de fenotipos mensurables&#44; caracterizando haplotipos&#44; an&#225;lisis de la estructura poblacional&#44; de forma que los estudios de asociaci&#243;n gen&#233;tica preserven su cualidad como una de las herramientas de aproximaci&#243;n pr&#225;ctica m&#225;s poderosas que existen<span class="elsevierStyleSup">9</span>&#46;</p><p class="elsevierStylePara"><a href="grande&#47;437527&#95;tabla1&#46;jpg" class="elsevierStyleCrossRefs"><img src="437527_tabla1.gif"></img></a></p><p class="elsevierStylePara">Tabla 1&#46; </p><p class="elsevierStylePara"><a href="grande&#47;437527&#95;tabla2&#46;jpg" class="elsevierStyleCrossRefs"><img src="437527_tabla2.gif"></img></a></p><p class="elsevierStylePara">Tabla 2&#46; </p><p class="elsevierStylePara"><a href="grande&#47;437527&#95;tabla3&#46;jpg" class="elsevierStyleCrossRefs"><img src="437527_tabla3.gif"></img></a></p><p class="elsevierStylePara">Tabla 3&#46; </p><p class="elsevierStylePara"><a href="grande&#47;437527&#95;tabla4&#46;jpg" class="elsevierStyleCrossRefs"><img src="437527_tabla4.gif"></img></a></p><p class="elsevierStylePara">Tabla 4&#46; </p><p class="elsevierStylePara"><a href="grande&#47;437527&#95;figura1&#46;jpg" class="elsevierStyleCrossRefs"><img src="437527_figura1.jpg"></img></a></p><p class="elsevierStylePara">Figura 1&#46; </p>"
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Información del artículo
ISSN: 02116995
Idioma original: Español
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2019 Julio 225 29 254
2019 Junio 235 26 261
2019 Mayo 279 24 303
2019 Abril 273 57 330
2019 Marzo 235 28 263
2019 Febrero 114 31 145
2019 Enero 136 23 159
2018 Diciembre 207 33 240
2018 Noviembre 280 14 294
2018 Octubre 269 17 286
2018 Septiembre 203 6 209
2018 Agosto 186 15 201
2018 Julio 217 13 230
2018 Junio 205 10 215
2018 Mayo 194 13 207
2018 Abril 187 11 198
2018 Marzo 175 8 183
2018 Febrero 101 9 110
2018 Enero 133 4 137
2017 Diciembre 164 11 175
2017 Noviembre 156 8 164
2017 Octubre 46 7 53
2017 Septiembre 38 12 50
2017 Agosto 39 22 61
2017 Julio 44 4 48
2017 Junio 51 8 59
2017 Mayo 56 6 62
2017 Abril 40 4 44
2017 Marzo 72 4 76
2017 Febrero 89 5 94
2017 Enero 48 4 52
2016 Diciembre 90 2 92
2016 Noviembre 111 10 121
2016 Octubre 190 11 201
2016 Septiembre 285 7 292
2016 Agosto 244 12 256
2016 Julio 169 7 176
2016 Junio 121 0 121
2016 Mayo 158 0 158
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